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A Igreja Matriz de São João da Boa Vista foi inaugurada em 1853, após anos de planejamento marcados por disputas internas sobre sua localização. O padre João Ramalho a havia projetado para ficar onde hoje é a Praça da Catedral — um ponto central, com espaço para crescer, diferente do entorno da capela de Santo Antônio, onde os moradores mais antigos já haviam construído suas casas.
A polêmica sobre o local começou em 1848, quando os planos foram apresentados. Os moradores da região norte — a área da Capelinha — protestaram. Eles haviam se estabelecido próximos à primeira capela e não queriam ver o centro da vida religiosa mudar de lugar. A resistência não impediu a construção, mas deixou uma divisão que se manteve por gerações.
Quando a Matriz foi finalmente inaugurada, em 1853, João Ramalho estava no altar celebrando a missa solene. No meio da celebração, caiu desfalecido e morreu ali mesmo. O homem que havia chegado ao Brasil em 1800, comprado terras em 1823, construído a capela em 1831, obtido o reconhecimento eclesiástico em 1832 e planejado a Matriz morreu no dia de sua inauguração. A cidade que ele construiu foi também o lugar de sua última cena.
O prédio construído em 1853 deu lugar, ao longo dos anos, à Catedral que existe hoje. Com a criação da Diocese em 1960, a Matriz passou formalmente a ser chamada de Catedral de São João Batista.