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Antes das sesmarias, das fazendas, da capela e do nome São João da Boa Vista, o território era habitado e atravessado por povos indígenas. A história local começa muito antes da fundação oficial, na longa duração da ocupação humana do vale do Jaguari, das encostas da Mantiqueira e dos caminhos entre o interior paulista e o sul de Minas.
Registros coloniais da região citam grupos como Puris, Coroados e Guarulhos, nomes que aparecem em diferentes partes do interior paulista e mineiro. A ocupação colonial deslocou, violentou, escravizou e apagou parte dessas populações, alterando profundamente a paisagem humana anterior ao povoado.
O censo de 1822 da região de Campo Triste menciona Rosa Carajé como escravizada. O nome sugere origem indígena e indica que a escravidão indígena ou a presença de pessoas indígenas submetidas a trabalho compulsório ainda aparecia nos registros do período imediatamente anterior à formação oficial da cidade.
O período pré-colonial e indígena amplia o horizonte da história sanjoanense. Ele impede que a narrativa comece apenas com fazendeiros, capelas e autoridades, lembrando que havia ocupação, circulação, conhecimento territorial e presença humana anterior à colonização.