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Dom Tomás Vaquero foi o segundo bispo da Diocese de São João da Boa Vista, cargo que assumiu em 1963 após o breve episcopado de Dom David Picão, o primeiro bispo, nomeado quando a Diocese foi criada em 1960 pelo Papa João XXIII. Dom Tomás permaneceu à frente da Diocese por quase três décadas, até 1991 — o período mais longo de qualquer bispo na história da Diocese.
Durante esse episcopado, a Diocese atravessou as transformações do Concílio Vaticano II (1962–1965), que mudou a forma da missa, o relacionamento da Igreja com o mundo moderno e a organização das comunidades locais. Em São João da Boa Vista, esse período coincidiu com o crescimento urbano da cidade, a chegada das universidades e a consolidação da Diocese como polo religioso regional.
Dom Tomás Vaquero é associado à criação e organização do Museu de Arte Sacra da Diocese, instalado no térreo do Palácio Episcopal na Praça Roque Fiori. O museu reúne paramentos dos séculos XIX e XX, imagens em madeira do século XVIII, objetos religiosos, pinturas e mobiliário de toda a região — um acervo que depende de catalogação e pesquisa mais sistemática.