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Antes das sesmarias, antes das fazendas, antes da capela de Antônio Machado, o território onde São João da Boa Vista se formaria era habitado por povos indígenas. A história da cidade começa, portanto, muito antes de 1824 — começa na longa duração da ocupação humana do vale do Jaguari e das encostas da Mantiqueira.
Os grupos citados na documentação colonial da região incluem os Puris, os Coroados e os Guarulhos. Eram povos que ocupavam diferentes faixas do interior paulista e do sul de Minas Gerais — alguns nômades, outros com assentamentos mais estáveis. A chegada dos colonizadores ao longo do século XVIII deslocou, dizimou e escravizou esses grupos progressivamente. O processo de ocupação que culminou na fundação de São João da Boa Vista em 1824 foi, portanto, também um processo de expulsão e destruição de populações preexistentes.
O censo de 1822 da região de Campo Triste registrou Rosa Carajé como escravizada — o nome "Carajé" indica origem indígena, possivelmente Karajá. Esse dado mostra que a escravidão indígena ainda persistia na região no período imediatamente anterior à fundação formal da cidade, a despeito de ter sido formalmente proibida em diferentes momentos do período colonial.
A história pré-colonial de São João da Boa Vista ainda é pouco pesquisada em nível local. Ela depende de arqueologia — identificação e estudo de sítios —, de etnohistória — análise de documentos coloniais sobre os grupos da região — e de colaboração com pesquisadores especializados.